Schöne, neue Welt 2415: Die Menschheit erholt sich immer noch von einer Viruskatastrophe, bei der fast alle Erdbewohner ausgerottet wurden. Im hermetisch von der Außenwelt abgeriegelten Stadtstaat Bregna regiert eine Gruppe von Wissenschaftlern unter der Führung der Brüder Trevor (Marton Csokas) und Oren Goodchild (Jonny Lee Miller) in einem totalitären System. Aeon Flux (Charlize Theron) gehört der Untergrundbewegung der Monicans an. Als ihre Schwester Una Flux (Amelia Warner) von Regierungsagenten umgebracht wird, schwört sie Rache. Auf Befehl ihrer Rebellenführerin (Frances McDormand) zieht sie gemeinsam mit Kampfgefährtin Sithandra (Sophie Okonedo) aus, um Trevor Goodchild zu töten und den Staat zu stürzen. Beim Einbruch in die hochgesicherten Staatsgebäude sind nicht nur Aeons akrobatische Fähigkeiten gefragt. Sie ist die perfekte Attentäterin, eine tödliche menschliche Waffe. Aber das ist nicht genug, der Anschlag misslingt. Damit fangen die Komplikationen aber erst an...
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